Es entre los años 1121 y 1124 cuando finaliza la conquista de los últimos territorios de los valles del Jalón y el Mesa, iniciada por Alfonso I de Aragón, el Batallador, en Calatayud. La totalidad del territorio molinés se da por recuperado con la toma de Molina a finales de 1128.
La comarca molinesa pasa, durante los años treinta, de ser una conquista aragonesa a un señorío castellano independiente, quedando en manos de Manrique de Lara, noble de la corte de Alfonso VII de Castilla, quien procederá a la repoblación del territorio mediante el Fuero (1140-1152) que él mismo concede.
Acompañando a don Manrique, primer señor de Molina, aparecen varios nombres pertenecientes a familias importantes, entre estos un Funes: Gonzalo de Funes.
El valle del Mesa representó uno de los pocos lugares donde se distribuirá el grueso repoblacional debido a sus mejores condiciones climáticas y la existencia de tierras fértiles.
El Fuero de Molina menciona como límite norte del señorío las poblaciones de Sisamón, Jaraba, Cimballa y Cubel, pero, no enumera las poblaciones de Algar, Villel y Mochales en la relación de lugares pertenecientes al Fuero, que quedarían dentro de los límites descritos. Y es que los pueblos que forman el valle del mesa y sus fortalezas y el castillo de Mesa como cabeza, conformarán el señorío de Mesa.
En 1199, un documento registra la venta de la dehesa de Mochales por parte Gonzalo de Mesa a Ramiro Pérez de Lara, hermano de Gonzalo Pérez de Lara, tercer señor de Molina. Y en 1238, el mismo Gonzalo Pérez de Lara aparece también como señor de Mesa. Así consta en las adiciones al Fuero de Molina realizadas por Blanca Alfonso, quinta señora de Molina (1272-1293), que nombran los señoríos de Mesa y Mochales.
En 1258, el infante D. Alfonso, cuarto señor de Molina, entregó Mochales en usufructo a su suegra D.ª Sancha Gómez quedando de todos modos controlado por la familia de los Lara y la corona castellana. A la muerte de Sancho IV, los pueblos del valle del Mesa, y entre ellos Mochales, pasaron a poder de la familia Funes (originaria de Navarra) quienes se apoderaron de ellos por la fuerza y amparados en la turbulencia de la época Mochales formó parte de Aragón a finales del siglo XIII, pasando a ser de Castilla en la centuria siguiente.
En el siglo XV, a raíz de ser designados los Mendoza como alcaldes del castillo de Molina, Mochales pasó a esta familia y perteneció a ella durante siglos. Los Mendoza de Molina, también condes de Priego y luego marqueses de Mochales, desempeñaron el señorío de esta villa hasta el siglo XIX.
Durante la Guerra de la Independencia, Mochales sufrió mucho ayudando siempre a las tropas españolas de la Junta de Defensa de Molina de Aragón. Los franceses lo saquearon cuatro veces, por colaborar con el general Castaños cuando este estaba acampado en Sisamón. El alcalde, Antonio Alba, pasaba suministros a espaldas del enemigo. Cuando los franceses lo cogieron lo ahorcaron detrás de la iglesia. Hoy, la plaza Mayor del pueblo lleva su nombre.
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